縄文人は東ユーラシア人であり、日本列島の自然民であってきた。現在の人種分類では、縄文人はモンゴロイド人種である。
縄文人のY染色体ハプログループはD1a2aである。このD系統は、人類が出アフリカを果たした初期の段階に分岐した非常に古い系統の候補のひとつとされている。
D系統はアフリカに広く分布するE系統と兄弟関係にある。Eはサブサハラ人のほかBerber系の北アフリカ人やギリシア人の一部にも分布する。D系統とE系統は共通祖先(DEハプログループ)に由来する点で学術的に確立されている。
C系統またはD系統は、東アジアへ最初期に到達した人類集団の担い手と考えられており、縄文人の父祖はその一翼を担った。